Você pode usar o DisplayFusion para salvar o modo estendido como um Perfil do Monitor e, em seguida, carregá-lo automaticamente na inicialização.
Informações sobre perfis de monitor aqui: link
Informações sobre a configuração de um perfil do monitor na inicialização aqui: link
Divulgação: Eu apoio e testo na Binary Fortress Software (fabricantes da DisplayFusion):)