Geralmente, eu uso o Revo Uninstaller (não sei quem faz isso e estou longe do meu equipamento, desculpe) ao remover programas do Windows enquanto ele procura por arquivos de configuração e chaves de registro, além do processo de desinstalação padrão. máquina um pouco mais limpa do que apenas desinstalar normalmente.
Mas, a essa altura, é tarde demais para ajudar, que é onde o CCleaner (da Piriform, teria um link para ele, mas estou no meu telefone) pode ajudá-lo. Ele procura por chaves de registro inativas e pode removê-las, além de executar várias tarefas úteis de manutenção.