O mesmo problema aqui ...
$ lspci
00:02.0 Display controller: Intel Corporation 2nd Generation Core Processor Family Integrated Graphics Controller (rev 09)
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF116 [GeForce GTX 550 Ti] (rev a1)
Driver proprietário da Nvidia 352.63
Para trabalhar com essa configuração, é necessário ativar o xinerama dentro do xorg.conf e configurar ambas as placas.
Unity não gosta de xinerama, xorg tem desempenho ruim. Eu usei openbox para testar.
Quase trabalhado:
Remover o driver nvidia proprietário e usar o driver opensource nouveau, tudo funciona, mas o nouveau é instável com meu cartão e falha xorg.
Outra tentativa:
$ xrandr --listproviders
Providers: number : 2
Provider 0: id: 0x2b3 cap: 0x1, Source Output crtcs: 2 outputs: 4 associated providers: 0 name:NVIDIA-0
Provider 1: id: 0x48 cap: 0x2, Sink Output crtcs: 3 outputs: 6 associated providers: 0 name:Intel
defina a saída
$ xrandr --setprovideroutputsource 1 0
$ xrandr --auto