Esta é geralmente a preferência do usuário. Windows Metro (ou pelo menos a interface anteriormente conhecida como metro) As aplicações são geralmente concebidas para toque e são construídas de uma forma que as torna muito amigáveis para aqueles que preferem não, ou não podem usar um rato.
Normalmente, um aplicativo sensível ao toque será executado em tela cheia e você poderá usar gestos do mouse ou do dedo para alternar aplicativos nos quais um aplicativo de desktop dependa de janelas para janelas ou Alt + Tab, etc.
Na maior parte, eles (aplicativos da loja) terão todas as funcionalidades da edição "Desktop" dos programas. No entanto, nem sempre é esse o caso.
Exemplos disso incluem o Windows Internet Explorer 11 (que tem apenas um subconjunto do "menu de opções" no aplicativo de toque), o Skype (que permite apenas o compartilhamento de tela na versão desktop) e vários outros.
O melhor conselho é experimentar os dois e ver qual você prefere.
Com o próximo lançamento do Windows, parece haver planos para permitir que um usuário execute um "aplicativo de toque" dentro de uma janela, para que você obtenha o melhor dos dois mundos (em teoria).
Do ponto de vista do programador, também há mais idiomas disponíveis para gerar aplicativos e scripts de desktop do que para touch, mas os aplicativos de lojas utilizam muitas novas tecnologias e são construídos em estruturas strongs (que também estão disponíveis ao escrever aplicativos de desktop)
Acho que, em poucas palavras, você gosta dos aplicativos de toque, se você tem um dispositivo ativado para tocar e qual versão de um aplicativo você prefere usar.