Eu pensei que usar um sistema iso ao vivo tornaria mais fácil copiar o seu sistema antigo, se ele não estivesse em uso, não haveria problemas com a desmontagem de / ou com partições diferentes com dados diferentes sendo todos montados enquanto em execução, por isso mesmo uma cópia de partição bruta com dd seria fácil.
A pergunta que você menciona apenas monta uma partição / e a copia para outra partição ... Eu tentaria executar o sistema normalmente & basta copiar os arquivos para outra partição & veja se funciona. O pior que pode acontecer é que não funcionará & você terá que fazer isso de um iso ao vivo de qualquer maneira. Você precisará configurar / configurar o grub para o novo disco, mas é provavelmente o mesmo se estiver em execução ou não, já que você não está dd 'o disco inteiro de qualquer maneira.