As configurações para usar as configurações de proxy do sistema são obtidas das opções da Internet (podem ser acessadas pelo Internet Explorer ou pelo painel de controle) e, na verdade, são salvas no registro. A entrada do registro é:
Configurações HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Internet
ProxyEnable ProxyServer
No topo da minha cabeça, no entanto, poderia haver mais algumas configurações lá. Também depende de como o seu proxy é configurado a partir das opções.
Com as configurações de Detecção automática de proxy para esta rede, o Firefox e o Internet Explorer, até onde eu saiba, segmentarão um local conhecido como GET http: //wpad/wpad.dat (foi necessário quebrar o link, pois ele não pode conter wpad) que normalmente é configurado quando você tem um proxy de LAN.
Isso é diferente da URL de configuração automática do proxy, que é usada quando você tem um arquivo PAC do proxy localizado em algum lugar que você tenha que especificar e, em seguida, ele carregará o arquivo.
Esse é um tópico muito importante, então, mais informações que você precisa, posso tentar ajudar ainda mais a deixar um comentário.