Se o daemon ntpd estiver sendo executado em ambas as máquinas, você poderá verificar se ele está contatando os servidores ntp do pool executando
ntpq -p
Isso mostrará uma lista de servidores ntp conectados.
Provavelmente vale a pena verificar se você está se conectando aos mesmos servidores ntp em cada host, verificando as diretivas server
em /etc/ntp.conf.
Além disso, verifique se ambas as caixas estão configuradas com o fuso horário correto e se a porta UDP 123 está aberta nos dois sentidos em qualquer firewall ...