Só notei o provável problema enterrado lá: Você disse "O HD externo foi criptografado há alguns meses, com uma versão mais antiga do Ubuntu."
As versões mais recentes do eCryptfs nem sempre funcionam com dados criptografados com versões mais antigas. Não é totalmente compatível com versões anteriores. Você deve descriptografar os dados usando a versão original que os criptografou.
Ou, é possível que você não esteja usando a chave certa para a criptografia de nome de arquivo (fnek), verifique novamente a chave e examine as opções de montagem ecryptfs_fnek_sig=(fnek_sig)
e até ecryptfs_sig=(fekek_sig)
.