Seu shell lembra quando você cd em um diretório através de um symlink e usa essa informação quando você usa cd .. . Se você usa bash ou zsh , pode executar o comando set -P para que cd se comporte como cp (ou seja, faça ignorar os links simbólicos para que, no seu exemplo, cd .. leve você para /home/user , não /home/user/test ).
Consulte este Unix & amp; Linux SE question para mais informações, incluindo um hack para fazer com que cp se comporte como cd em vez do contrário.