Foi o drive da Toshiba que estava causando o problema. Não é que ela desacelere, mas descarrega a cabeça, e tem um atraso quando a carrega novamente.
De acordo com o suporte técnico da Toshiba, a série DT de discos rígidos entra em modo de espera quando inativa. Eles também afirmam que "isso não pode ser contornado". Eu tenho uma recomendação para, em vez disso, olhar para as unidades corporativas, que não têm esse atraso. No entanto, verifica-se que usar as opções hdparm -B e -S como sugerido por Hennes no comentário abaixo impede o estacionamento da cabeça, embora esses comandos tenham que ser enviados para a unidade após cada ciclo de energia. Como o computador em questão é um sistema Windows 8 usado para produção musical, a solução era usar uma distribuição hdparm para o Windows e executá-la como um serviço em cada login.