Isso teria que ser tratado programa por programa, já que cabe aos programas individuais lidar com os metadados de seus dados, não (apenas) o sistema operacional. Verifique as opções de cada programa que você usa e veja se você pode desativar o tratamento de metadados (leitura, gravação ou ambos) dos arquivos de dados.
Para lidar com seu problema real (não ter metadados no produto final), por que não removê-los todos quando concluído? Pode ser facilmente feito em massa no Windows 7, como visto nessas outras perguntas do SU: