Embora eu ainda não consiga explicar o comportamento, descobri que ele é derivado da variável de ambiente $ HOME que ainda aponta para o diretório pessoal do meu usuário. Se eu
export HOME=/root
antes de executar comandos mercurial, eles funcionam bem. A mensagem que me indicou isso foi:
not trusting file /home/jan/.hg/hgrc from untrusted user jan, group jan
que foi exibido depois de chamar o hg init.