Por mais patético que pareça, isso resolveu-se após uma reinicialização. Não tenho certeza do que isso significa e eu odeio oferecer uma solução com uma solução tão genérica. Talvez uma reinicialização seja necessária após remover e recriar o ~/.bash_history
Não sei por que e em nenhum lugar eu li que era um requisito. Se eu descobrir algo mais específico, postarei minhas descobertas.