O uTorrent provavelmente não é capaz de suportar vários usuários simultâneos, pois provavelmente não foi escrito com isso em mente.
Parece que está compartilhando um arquivo (e / ou intervalo de memória) e quando o cliente uTorrent de dois usuários diferentes persiste a lista de torrents em disco (no desligamento), ambas as instâncias estão salvando no mesmo arquivo, e O último a escrever é a lista que está guardada no disco.
As pessoas que executam os servidores de terminal estão bem cientes desse problema relativamente comum em aplicativos de desktop. :)
Encontre um cliente Torrent que esteja ciente de vários usuários / instâncias simultâneas, ou que cada pessoa use um cliente de torrent diferente.
Como alternativa, talvez considere o uso de uma solução de virtualização para separar os usuários em diferentes máquinas virtuais no mesmo computador.