Eu não tenho certeza de como você faria isso diretamente do Matlab, mas o que eu faria seria gravar áudio usando dois programas diferentes (por exemplo, Quicktime e Garageband ou algum outro freeware para gravar áudio) e escolher duas fontes diferentes no configurações para cada aplicativo. Após a gravação, você pode importar os arquivos para o Matlab.
Você também terá que encontrar uma maneira de começar a gravar simultaneamente, para o qual eu gravaria um script do Automator ou usaria o Applescript.