Se o disco de origem ou de destino estiver danificado, a cópia dos arquivos será lenta e (muito provavelmente) incompleta.
Além disso, se o disco externo for USB, isso terá uma velocidade de transferência mais lenta do que um disco normal (embora o USB 3.0 seja bom o suficiente).
Fora isso, dependerá da ferramenta que você está usando. Geralmente, eu encontro cópias diretas de dispositivo com dd para serem mais rápidas do que ferramentas que reconhecem sistemas de arquivos (por exemplo, cp , rsync ), especialmente se você usar o parâmetro conv=sync,noerror para 'pular' áreas do disco de origem não mais ser lido. Como alternativa, ddrescue é um comando melhor, se você tiver dois discos externos que você possa usar (um para os dados recuperados e um para o arquivo de log de transações).
Outra opção é executar o GetDataBack a partir do link em um ambiente inicializável do WinPE. Custa dinheiro e leva algum esforço para configurar (o que pode exigir que você use outra máquina para fazer um CD de boot), mas sempre funcionou bem para mim (embora também seja muito lento em discos danificados).
Eu não tentaria instalar o Ubuntu no disco danificado a menos que você esteja absolutamente certo de que o disco já possui uma partição não usada (ou espaço para uma partição) que você pode instalar e que essa área do disco não está próprio danificado - você não quer ter que redimensionar a partição do Windows para caber no Ubuntu (se o redimensionamento falhar, você fica com poucas opções de recuperação).
Em qualquer caso, sua melhor opção pode ser voltar ao seu backup mais recente.