Supondo que você siga esse caminho:
Nenhum problema, perfeitamente seguro. Você pode achar que é um pouco mais lento.
Por acaso, arquivos como JPG, MP3, MP4, WMV, AVI, etc. não são compactados (ou são muito poucos), portanto, se o histórico de arquivos estiver cheio, você não verá muita melhora.
EDIT: A compactação NTFS funciona no nível do sistema de arquivos. É tão seguro usar como o NTFS é seguro para usar como um sistema de arquivos. Isso porque a compactação NTFS é uma parte integrante do conjunto de funcionalidades NTFS.
O histórico de arquivos não é um tipo de ferramenta de disco baseada em setor, é apenas um serviço que copia arquivos e mantém o histórico de versões. O destino para o histórico de arquivos pode até ser um local de rede! Isso é mais do que evidência suficiente de que você pode especificar com segurança uma pasta de destino que tenha a compactação NTFS ativada.