Eu suspeito que seja uma falha no disco rígido, que faz com que a unidade demore mais para se "inicializar" e se tornar disponível para o BIOS. Ao inicializar no live CD do Linux, você dá ao disco rígido tempo suficiente para se "inicializar". Isso, junto com a detecção de tamanho de 0 MB, pode indicar uma alta "contagem de repetição de rotação" no disco, por exemplo, o motor ou os rolamentos na unidade está prestes a falhar.
Sugiro que você faça o download desta ferramenta: link
da partição do Windows inicializada, extraia-a e execute o DiskInfo.exe. Se alguma coisa é AMARELA ou VERMELHA, isso significa que você deve substituir o disco o mais rápido possível, então ele está literalmente quebrado e estava falando sobre até mesmo horas (e não dias) antes que ele quebre completamente levando à perda de dados. Eu sugeriria então substituí-lo por um SSD, já que os SSDs são mais confiáveis do que os HDDs físicos.
No entanto, poderia ser sua placa-mãe também, por exemplo, bugs do BIOS e tal. Portanto, se o CrystalDiskInfo disser "Bom" no seu disco rígido, tente baixar uma atualização do BIOS no site do fabricante do seu mobo ou computador e atualize-o.