A saída de uma execução de script no agendador de tarefas vai para stdout como normal, que é perdida no final do script em execução.
Se você deseja capturar a saída de uma tarefa, grave a saída em um arquivo de log em vez de stdout ou tenha um redirecionamento na linha de comando da tarefa:
perl mytask.pl >> c:\perltasklogfile.txt
Se você quiser que algum erro seja capturado no mesmo arquivo, use:
perl mytask.pl >> c:\perltasklogfile.txt 2>&1