Não. Estes são dois emails separados. Não há como o thunderbird saber que dois e-mails são os mesmos, a menos que haja um plug-in que eu não conheça. Dado que eu brinquei com o mesmo problema e não consegui encontrar uma resposta, as chances são pequenas de ter mudado desde então.
Sua melhor aposta é marcá-lo de alguma forma na entrega pelo uso de uma regra.