Você está perdendo esta linha corretamente no seu arquivo xstartup do ubuntu
vncconfig -iconic &
Eu uso este arquivo xstartup e o xfce exibe tudo corretamente
#!/bin/sh
unset SESSION_MANAGER
unset DBUS_SESSION_BUS_ADDRESS
startxfce4 &
[ -x /etc/vnc/xstartup ] && exec /etc/vnc/xstartup
[ -r $HOME/.Xresources ] && xrdb $HOME/.Xresources
xsetroot -solid grey
vncconfig -iconic &