A resposta é # 1.
O motivo de haver dois slots é acomodar placas de expansão grandes que podem ocupar mais de um slot. Normalmente, isso é placas de vídeo.
Eles costumavam deixar um espaço vazio sob o slot pci express x16, mas depois começaram a lançar cartões que ocupavam três slots. E então tudo ficou complicado com SLI e Crossfire usando vários slots pcix.
Essencialmente, ele está lá para acomodar muitos arranjos diferentes de configurações de vídeo de ponta.
É interessante notar que o pcix é compatível com versões anteriores, e você pode colocar um cartão 1x em um slot 16x sem problemas - mesmo que o conector seja muito mais curto.