Eu não usei o FastStone Image Viewer antes, mas instalei-o para tentar ajudar. Pelo que eu posso dizer, o único metadado que ele pode editar é o campo Jpg Comment, que tecnicamente não está no bloco de dados Exif. Se esse é o campo que você está preenchendo, o comando que você gostaria de usar seria algo como
ExifTool "-Description<Comment" <file/dir>
Se isso não funcionar, confira a FAQ da ExifTool # 3c para tentar descobrir qual seria o campo exato que você deseja copiar.