Arrastar as pastas para outra pasta copiará o conteúdo para a nova pasta e ele não moverá os dados no local de origem mais antigo. Além disso, com relação ao problema de exclusão, tente abrir o prompt de comando com privilégios de administrador e tente excluir as pastas com o comando abaixo.
RD /S /Q "directory path" (or) RMDIR /S /Q "directory path"
Nota: Se a pasta for aberta por algum outro usuário em outro RDP (ou) por qualquer aplicativo, você não poderá excluir as pastas.