Uma vez dentro, se você remover os arquivos de modo perforado, ele alterará a permissão de arquivos desses arquivos para somente leitura para garantir que esses arquivos não sejam modificados. (É assim que o aplicativo deve funcionar)
Se a sua intenção é modificá-lo e enviá-lo para forçar, então você pode fazer o checkout dos arquivos que você deseja modificar ou atualizar (ele remove o readonly dos arquivos com check-out)
Portanto, se você precisar modificar esses arquivos com a intenção de não enviá-los, precisará remover manualmente somente a permissão de arquivo.
Espero que isso ajude:)