Isso parece um problema no Apport. Eu preencheria um bug, porque não há garantia de que o seu programa não falhará em ambientes diferentes se isso fizer com que o Apport falhe.
Se você realmente quiser desabilitar o Apport no seu programa, tente isto:
if sys.excepthook != sys.__excepthook__:
print("Warning: 3rd party exception hook is active")
if sys.excepthook.__name__ == 'apport_excepthook':
print(" killing Ubuntu's Apport hook")
sys.excepthook = sys.__excepthook__