Claro. Você precisa de uma ferramenta de linha de comando para fazer a conversão. Tenho certeza de que existe um, mas nunca usei um sozinho. Então use este oneliner de dentro de sua pasta principal:
for /r %%f in (*.ogg) do ogg_to_mp3 "%%f" "%%~dpnf.mp3"
Para explicar a magia %% ~ dpnf: Isso é usado para extrair partes de %% f (o nome completo do arquivo ogg), onde d é a letra da unidade, p o caminho e n o nome do arquivo sem a extensão.
Use sinais% únicos ao executar diretamente a partir da linha de comando, duplique ao executar a partir de um arquivo em lotes.
Editar : agora vejo que você não especificou em qual sistema operacional você está. Esta solução é para o Windows.