Eu tenho lidado com este problema há algum tempo, e estou começando a pensar que tem algo a ver com o próprio GT 540M. De qual pesquisa eu fiz, parece que esses tipos de problemas são invariavelmente resolvidos com a instalação do bumblebee ( link ). Eu presumo que você já tentou isso e não teve sucesso?
Por que vale a pena, esse problema também aparece no Mint e no Fedora. O que me intriga, no entanto, é que a taxa de atualização lenta e o atraso desaparecem quando estou assistindo a um vídeo, seja no youtube ou no VLC, e reaparecem imediatamente assim que o arquivo de vídeo é fechado. Você observou isso também? Se os vídeos em HD podem rodar sem problemas nos drivers nouveau / intel, por que aplicativos menos intensivos ficam paralisados?
Você poderia dar uma chance ao Compiz e aumentar manualmente as taxas de atualização, mas eu não tive sucesso com isso: link