A saída de apt-get policy
está informando que gir1.2-javascriptcoregtk-3.0
está instalado localmente e não vem de um PPA:
gir1.2-javascriptcoregtk-3.0:
...
Version table:
*** 2.0.4-2~ubuntu13.04.1 0
100 /var/lib/dpkg/status
Isso significa que o seu sistema não tem acesso a todo o conjunto de pacotes oferecidos pelo Gnome 3 PPA. Isso pode causar muitos problemas, incluindo problemas de dependência.
Adicione novamente o PPA com este comando:
sudo add-apt-repository ppa:gnome3-team/gnome3
Em seguida, atualize e atualize seu sistema.