Pode ou deve?
Em um sistema adequadamente projetado: Não, isso não danificará a CPU.
No caso de CPUs mais antigas com sistemas mal projetados, a falta de resfriamento (por exemplo, ventiladores com falha, resfriadores cheios de poeira e funcionando mal, ...) então sim, isso pode empurrá-lo para fora da borda. No caso do CPU moderno (onde o moderno é da última década) eles não serão danificados, mas irão desacelerar. As CPUs mais antigas (por exemplo, 486 chips) irão aquecer além das temperaturas do projeto e podem falhar ou reduzir o tempo de vida.
Mas em qualquer coisa dos últimos 10-15 anos: Não. Uma CPU é construída para fazer cálculos. Não é prejudicado fazendo cálculos. Seu caso pode ser relativamente barulhento, embora os ventiladores acelerem para descartar o calor, mas as coisas devem ficar bem (se forem ruidosas).