rsync não preserva os sinalizadores de arquivo por padrão. Adicione -E para preservar atributos estendidos, sinalizadores de arquivos, ACLs e forks de recursos.
Se o rsync foi instalado via homebrew, -X tem que ser usado no lugar.
Quando eu digo ao rsync para sincronizar 2 pastas com -a /source/path/ /destination/path , os arquivos ocultos ficam subitamente visíveis. Existe uma maneira de dizer ao rsync para não mostrar esses arquivos, mas simplesmente copie a pasta como está. Assim como você faria à mão em um gerenciador de arquivos comum.