Os requisitos (mostrados aqui link ) dizem que cada cartão precisa de 350 Watts, e minha fonte de alimentação é apenas de 650 W, então a configuração não funcionará.
ATUALIZAÇÃO: Agora funciona, quer dizer, ambas as placas estão em seus slots e o computador está rodando. Ambos os cartões são reconhecidos pelo sistema como aqui:
[root@localhost ~]# lspci | grep -i VGA
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GK107 [GeForce GT 640] (rev a1)
02:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GK107 [GeForce GT 640] (rev a1)
A razão exata do problema permanece desconhecida para mim. O que eu fiz foi simplesmente instalar um sistema operacional, então tentei inicializar o sistema operacional com ambas as placas e funcionou. Eu não sei se a BIOS encontrou algo útil instalado pelo sistema operacional (Fedora 20) que permitiu que ele começasse.