Espero ter entendido corretamente. Se o seu "problema" é que o seu HDD é tratado como um dispositivo hot plug, como um stick USB, que no Windows mostra um ícone para removê-lo com segurança, então você pode atualizar seu BIOS que eu recomendo para essas placas, última versão. Eu estou usando um Z77X-UD3H. O trabalho de gigabytes no UEFI não foi particularmente bom nesta série.
AFAIK as primeiras versões do UEFI tinham essa opção ativada por padrão para todas as portas SATA.
Se você não quiser atualizar seu UEFI, poderá desativar a opção hot plug para as portas SATA acessando a guia "Sistema" e depois "Informações da porta ATA". Lá você pode desabilitar para cada porta a funcionalidade hot plug.