É praticamente impossível excluir as revisões de um repositório, mas se você puder determinar a revisão real em que o tamanho subitamente subiu, você pode despejar o repositório em um arquivo temporário e carregá-lo em um novo.
Entre no servidor em que o servidor SVN está instalado e, em seguida:
svnadmin create newrepo
svnadmin dump -r 0:1000 > oldrepo.dump
svnadmin load newrepo < oldrepo.dump
mv repo oldrepo
mv newrepo repo
O 0:1000 indica as revisões iniciais e finais que você deseja restaurar / manter.
Esta página de manual do SVN mostra como fazê-lo funcionar: Migrando Dados do Repositório para Outro Local
Além disso, não há uma maneira fácil de simplesmente eliminar uma única revisão.