Eu não sei como fazer isso no desktop padrão que vem com o Ubuntu (embora eu tenha certeza de que alguém o faça) porque eu não o uso. Mas ...
Este é o Linux, o que significa que quase sempre há mais de uma escolha. Você pode usar um gerenciador de área de trabalho diferente (há muitos deles) ou até mesmo ter mais de um ao mesmo tempo e escolher qual deles deseja usar ao fazer logon na sua conta de usuário.
O gerenciador de área de trabalho do KDE possui vários recursos voltados diretamente para o que você gostaria de fazer. Obtenção e instalação não são muito difíceis, mas esse é um tópico separado.
O que você está chamando de "área de trabalho" provavelmente corresponde ao que é chamado de "área de trabalho virtual".
No caso mais simples, há um widget de gerenciador de tarefas que você pode adicionar ao seu painel que mostra quais tarefas estão sendo executadas em sua área de trabalho. Tem uma opção que exibirá todas as tarefas ou somente aquelas que estão na área de trabalho virtual atual. Você pode definir quantos desktops virtuais puder gerenciar. Eu uso seis. Quando você alterna para outra área de trabalho virtual, as janelas dos aplicativos nessa área de trabalho são exibidas e as da área de trabalho anterior ficam ocultas. No entanto, a própria área de trabalho com o que você coloca nela, como widgets e ícones, é idêntica a todos os outros desktops virtuais.
Se você quer toda a enchilada, o KDE tem um recurso chamado Atividades. Quando você (cria e depois) alterna as atividades, você obtém um conjunto totalmente novo de áreas de trabalho virtuais que podem ser configuradas de forma totalmente independente das de outra atividade com quaisquer ícones e widgets que você queira para essa atividade.
Eu não uso as atividades há alguns anos. Eles estavam um pouco bugs na época, mas eu espero que eles estejam prontos para o horário nobre agora.
O KDE também possui uma opção de login para lembrar e restaurar quaisquer aplicativos que estavam sendo executados em seus desktops na última vez que você efetuou login. Dessa forma, você não configura as configurações toda vez que efetua login. comece tudo de novo, restaure o que estava lá anteriormente ou inicie um conjunto predeterminado de aplicativos todas as vezes.