Marque a partição como ativa com diskpart e, em seguida, use bootsect para garantir que tenha pelo menos um NTFSector; ferramentas como bcdboot e bootrec são capazes de ver os sistemas operacionais e corrigir a próxima inicialização do BCD.
Se não, então parece que combinar as partições pode tê-lo formatado; verifique se os dados do sistema operacional ainda estão presentes.