Isso pode ser um com o seguinte comando:
while read p;do echo $p|tr ' ' '\n'|sort -k1|paste -s -d' ' -;done<input>output
Substitua entrada e saída por seus arquivos IO reais.
Eu escrevi um pequeno script que pode ser usado para testar isso também:
#!/bin/bash
# This script is just for testing purposes.
# Call this like:
# sort_numbers numbers.txt numbers_correct.txt
# Where numbers.txt is the file to sort and
# numbers_correct.txt is a file where they are
# sorted correct.
while read p; do
echo $p|tr ' ' '\n'|sort -k1|paste -s -d' ' -
done<$1>output.$1
# This just compares the output with the correct output
file1=$2
file2=output.$1
echo -n $file1 and $file2 are' ' && cmp --silent $file1 $file2 && echo the same || echo different