Vá para o diretório em que você baixou o arquivo .JO do BlueJ: (Supondo que seja sua pasta de downloads)
cd ~/Downloads
Então faça
dpkg -i filename.deb
Altere filename
com o nome do seu arquivo .deb. Se você ainda receber um erro dizendo que não existe tal arquivo ou diretório, escreva ls
e veja se o arquivo .deb está listado lá.