Os HDDs externos WD são conhecidos por uma partição de utilitário oculta, que não pode ser removida do Windows facilmente sem o uso de um aplicativo de terceiros.
A melhor maneira é usar um Linux Live Cd (Gparted, Parted Magic ou similar) Eles podem ser encontrados aqui e mais ... link
Se você quiser fazer isso no Windows, tente usar a Ferramenta de formatação de armazenamento em disco HP USB