Use Tar
Crie o tarball do arquivo em seu sistema como root, então scp para o outro sistema como o usuário normal, então su para root e untar
que deve preservar as permissões e as propriedades do arquivo
então:
as root on the system copying from
tar cvf file.tar /my/file/here
scp file.tar user@remotehost /tmp
ssh user@remotehost
su - root
cd /tmp
tar xvf file.tar
cp -p file where/file/should/be
pouco de uma rodada sobre o caminho, mas deve fazê-lo