Eu encontrei o problema depois de pensar sobre o novo caractere de linha no arquivo e como obtive o arquivo de teste. O arquivo de teste que estou usando foi copiado para a máquina de uma máquina Windows usando o Webmin através da função de configuração do samba e colocando isso em um compartilhamento do Windows no qual várias pessoas tinham aberto o arquivo para análise. Ao copiar o arquivo de volta para uma máquina linux, todos os caracteres newline foram substituídos por "^ m", o que estava causando o awk total, não encontrando nenhuma nova linha. Correção com o comando fromdos no pacote tofrodos.
Encontrei aqui ... link