O programa Imagemagick pode fazer isso.
Aqui está um loop que deve ser executado em uma das pastas (já que os arquivos são nomeados de forma idêntica nas duas pastas), colocando as marcas d'água da Pasta2 nas imagens da Pasta1 e salvando o resultado colocando um "w-" em frente do nome do arquivo na pasta atual.
for %%i in (*) do convert.exe ../Folder1/%%i ../Folder2/%%i -gravity center -composite w-%%i
Eu não posso testá-lo agora, então talvez seja necessário ajustá-lo para o trabalho.
Aqui é um bom postar com outros exemplos.