Não, eles não são. Ambas as ferramentas têm uma implementação do Windows no sistema operacional. Mas eles oferecem mais feauteres.
Por exemplo, você pode limpar a maioria dos arquivos antigos do Windows clicando com o botão direito do mouse no disco rígido. Usando o Firefox ou outro navegador, você pode excluir chronices dentro dele. O CCleaner tem tudo nessa única ferramenta. Pessoalmente eu não tocaria no Limpador de Registro.
O Defraggler é uma boa ferramenta. Eu não sei o que é diferente da ferramenta de desfragmentação do Windows. Mas Defraggler oferece alguns recursos interessantes. Por exemplo, mover arquivos muito grandes que você usa raramente até o final do disco rígido. Teoricamente, isso pode beneficiar o desempenho se arquivos menores e mais usados nas trilhas internas. Mas se você realmente "sente" a diferença, eu não penso assim.