Você pode tentar o PDFCreator , ele suporta opções de CLI para converter arquivos em PDF. Junte isso com um script Batch e você deve estar pronto!
Além disso, se você configurar a impressora padrão em sua máquina para uma impressora PDF, poderá invocar o comando abaixo para executar o trabalho [ Ref ]. Novamente, isso precisa ser acoplado a um script em lote que possa analisar todos os arquivos na estrutura de pastas e disparar o comando para todos os arquivos .docx
"winword.exe" "C:\Folder1\Folder2\File1.docx" /mFilePrintDefault
Existem outras alternativas pagas (ou de código fechado) para as opções acima, mas eu prefiro usar / sugerir soluções abertas / livres.