Depois de tentar coisas diferentes, parece que encontrei a resposta: Projeto > opções de construção > etapas de pré / pós-construção.
Você pode usar os passos de pré e pós para executar comandos e scripts, então eu coloco o seguinte comando no post:
sshpass -p "my_password" scp /path/to/binary/file [email protected]:/path/to/remote/directory
Isto irá executar esta linha todas as vezes após a compilação. Então, neste caso, ele irá scp o arquivo binário para o servidor toda vez que for compilado. A parte sshpass garante que a senha seja aplicada ao comando scp.
Parece funcionar para mim:)