Você quer um ponto de junção. Eles agem como links para arquivos. Isso fará com que as duas pastas realmente apontem para o mesmo local. Isso é feito com o comando MKLINK:
MKLINK [[/D] | [/H] | [/J]] Link Target
/D Creates a directory symbolic link. Default is a file symbolic link.
/H Creates a hard link instead of a symbolic link.
/J Creates a Directory Junction.
Link specifies the new symbolic link name.
Target specifies the path (relative or absolute) that the new link refers to.
O comando específico que você quer é:
MKLINK /J folderB folderA
Em que folderA é a pasta na qual você deseja ter duas cópias e folderB é o local em que você deseja a segunda cópia.