O mais fácil porque eu encontrei até agora é usar mp3splt, que eu encontrei depois de uma pesquisa exaustiva. Também divide arquivos flac.
flacsplt -a -c cuefile.cue -d / diretório / para / send / arquivo flacfilename.flac
há também uma interface gtk para pessoas que gostam desse tipo de coisa. mp3splt-gtk