O resultado que você obtém depende do servidor whois que você está solicitando, e cada servidor whois pode trabalhar de maneira diferente.
Na consulta acima, parece que o único domínio registrado que contém o nome APAEB.COM é APAEB.COM.BR.
Whois tem uma lista de servidores whois padrão que serão consultados com base em seu TLD (código do contry, com ... etc), e parece que o que você está acessando é o banco de dados whois da VeriSign (que gerencia o .com), e A maneira como o VeriSign whois funciona se parece com uma pesquisa de string e não com uma pesquisa de domínio.
tente isso, por exemplo, echo '=APAEB' | nc whois.verisign-grs.com 43
e veja quantos resultados você obterá.