Quando entro em minha página de configurações, posso obter todos os dados sobre o que o Firefox está usando. Eu posso ir no github, baixar pacotes como zips, etc.
Mas quando eu uso o terminal, para fazer o git clone ou o ssh, os comandos falham. Eu imagino que a obtenção de comandos bash simples para passar pelo mesmo proxy que o Firefox está usando deve ser mais simples, mas não consigo descobrir.
Se você estiver no Linux, experimente configurar HTTP_PROXY = somehost: port, que é usado pela maioria dos programas. Infelizmente tem sido um tempo desde a última vez que usei um proxy para experimentá-lo. Também depende do programa específico que você gostaria de usar, se eu me lembro de wget tem uma configuração um pouco diferente. E o mesmo acontece com o Java.