Não consigo ver o que você está tentando alcançar com "**\*"
na lista de exclusões, mas, conforme o li, -x exclui arquivos cujos nomes correspondem a um padrão e não leva em conta os diretórios onde eles residem.
A forma mais simples de excluir diretórios é remover temporariamente a permissão de execução deles, por exemplo: -
chmod -x ...
zip ...
chmod +x ...
Apenas certifique-se de restaurar a permissão de execução se você abortar o script por qualquer motivo.